为了方便上海注册公司纳税人，简化土地增值税预征收的计算，房地产开发企业以预征收方式出售自行开发的房地产项目，土地增值税预征收的依据可按以下方法计算：土地增值税预征收的依据=预征收-预缴纳增值税。
一、营业税改征后土地增值税应纳税所得额的确认
营业税改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税所得不含增值税。对于采用一般增值税方法的纳税人，房地产转让土地增值税的应纳税所得额不包括增值税销项税额；对于采用简单计税方法的纳税人，房地产转让土地增值税的应纳税所得额不包括增值税的应纳税额。
第二，关于土地增值税的应纳税所得额的确认，上海注册公司即在营业税改征营业税后视同销售房地产
纳税人将开发的产品用于职工福利、奖励、对外投资、向股东或投资者分配、债务补偿、交换其他单位和个人的非货币资产等。所有权发生转移时视为出售房地产，其收入按《国某家税务总关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006)187号)第三条执行。纳税人安置安置房户时，对安置房应税收入和抵扣项目的确认，应符合《国某家税务总关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[〔2010〕220号)第六条的规定。
三、关于房地产转让相关税收的扣除
(1)营业税改增后，增值税不包括在计算土地增值税的抵扣项目“房地产转让相关税”中。
(二)营业税改增后，房地产开发企业实际缴纳的城市维护建设税(以下简称“城市建设税”)和教育费附加，如能根据清算项目准确计算，允许据实扣除。根据清算项目不能准确计算的，应当在清算项目预缴增值税时，上海注册公司按照实际缴纳的城市建设税、教育费附加扣除。
城市建设税和其他房地产转让行为的教育费附加扣除，适用上述规定。
四、关于营业税增加前后土地增值税结算的计算
房地产开发企业在营业税改增后清算房地产开发项目的土地增值税时，应按以下方法确定相关金额：
(1)土地增值税应税所得=营业税改增前房地产转让所得，不包括营业税改增后房地产转让增值税所得
(2)房地产转让相关税收=营业税、城市建设税、营业税改征营业税前实际缴纳的教育费附加、营业税改征营业税后允许扣除的城市建设税和教育费附加
